La bibliothèque fut créée en 1934 par la Princesse Marie Bonaparte en même temps que l’Institut de psychanalyse :

« Cet Institut est sis, non loin de l'église Saint Germain-des-Prés, au n° 137 du boulevard Saint-Germain, au premier étage d'un élégant immeuble. Siège social de la Société psychanalytique de Paris, qui y tient ses séances, il comprend une salle de cours-bibliothèque et un certain nombre de pièces pour le secrétariat et la surveillante des locaux. » John Leuba, RFP 1934.

La bibliothèque était destinée à la formation des futurs psychanalystes. Elle comptait alors quelques centaines de livres donnés pour la plus grande partie par Marie Bonaparte et par les membres de la jeune association.
 
Au printemps 1940, la SPP est dissoute, le local fermé et les livres de la bibliothèque probablement éparpillés chez les membres. L’Institut et sa bibliothèque ne rouvriront qu’en 1954 dans les nouveaux locaux du 187 rue Saint-Jacques. La bibliothèque est alors installée dans une grande pièce (30 m²) qui sert également de salle de cours et de réunions. En 1956, un rapport d’activité fait état d’un fonds d’un millier de livres et 350 volumes de périodiques. Le premier registre d’inventaire date de 1958. 

Á sa mort en 1962, Marie Bonaparte lègue sa bibliothèque personnelle à la SPP environ 1300 documents dont des collections complètes des premières revues psychanalytiques en langue allemande et de nombreux ouvrages dédicacés et annotés. La bibliothèque de l’Institut est alors réservée aux membres et élèves de la SPP et un catalogue bibliographique sur fiches est mis en place. Avec la fusion de l’Institut et de la SPP en 1986, la bibliothèque de l'Institut devient bibliothèque de la Société psychanalytique de Paris et engage sa première informatisation. 

Face à l’exiguïté des locaux la décision est prise en 1992 d’acheter un local (160 m²) pour y installer la bibliothèque. Elle prend alors le nom de « Bibliothèque Sigmund Freud » et est inaugurée en 1994. Á partir de 2000, la bibliothèque devient accessible à tous les publics sans restriction ni autorisation préalable. La fréquentation augmente rapidement et en 2004, un rapport de l’Inspection Générale des bibliothèques préconise un rapprochement avec la Bibliothèque nationale de France. La BSF devient pôle label psychanalyse pour la BnF et cette mise en relation permettra la numérisation de la Revue française de psychanalyse dans Gallica.
 
Depuis, la BSF s'est beaucoup modernisée en développant l'accès internet et les ressources numériques (abonnements à Cairn et Pep--Web) et son rayonnement passe largement les frontières hexagonales principalement en direction des autres pays francophones, mais aussi les autres pays européens, l'Amérique du Sud, les États-Unis ou l’Asie. Des partenariats ont également été signés avec d'autres sociétés psychanalytiques françaises comme l'APF (Association psychanalytique de France) et la SPRF (Société psychanalytique de recherche et de formation), le IVe Groupe et la Société de psychanalyse freudienne.
 
Depuis juin 2016, la bibliothèque est installée dans les mêmes locaux que la SPP, 21 rue Daviel, 75013 Paris. Elle dispose d’une grande salle de lecture avec 7000 documents en accès direct et d’une grande réserve climatisée aux normes de conservation en accès indirect.
 

vidéo de présentation 2017